トランス脂肪酸を多く摂り続けると、血液中のLDL（悪玉）コレステロールを増やし、HDL（善玉）コレステロールを減らす冠動脈性心疾患のリスクを高めることが示されています。
WHO（世界保健機構）とFAO（食糧農業機関）は、心臓血管系の健康増進のため、食事からのトランス脂肪酸の摂取を極めて低く抑えるべきであり最大でも一日あたりの総エネルギー摂取量の1％未満とするように勧告しています。
わが国では、消費者庁が食品事業者に対しトランス脂肪酸を含む脂質に関する情報を自主的に開示する取り組みを促す目的で「トランス脂肪酸の情報開示に関する指針」を公表しました。また、食品安全委員会ではトランス脂肪酸の食品健康影響評価を実施中です。